随后商毅这才公布帝国对蒙古的政策。
中华帝国将正式设立内藩蒙古自治区，在原则上，自治区推行蒙人治蒙的政策。蒙古自治区乃然划分成为六盟，各盟的地区，以及盟内各旗的数量都与清廷规定的一致，但会盟制度和盟主做出一些改动，清廷规定蒙古各旗三年会盟一次，选出各盟盟主，而帝国改为两年一次，盟主一位，由各旗轮流担任，而在担任盟主其间，称为盟主旗。当然各盟的第一任盟主，仍由原来清廷指定的旗主担任。
但盟主只是作为帝国中央对蒙古各旗的监督机构，不能干预各旗事务，也无权私自发布政令，各旗内部仍然享有很大的自治权，这一点和清廷仍然一样。而是各旗轮流担任盟主，人人有份，因此这一点变化也颇受各旗的欢迎，毕竟谁都能过一过盟主的瘾。由其是帝国正式确立蒙人治蒙的原则，也让众旗主都大为安心。
当然中华帝国征服蒙古之后，也有一些新的制度，首先是将察哈尓和归化城土默特合并，称为内藩蒙古自治区察哈尔府，归化城正式更名为呼和浩特，受帝国的直接控制，帝国将在这里派遣官员，治理地方并驻军守卫，由北京军区管理，治所设在呼和浩特。同时蒙古各盟旗的事务，也都由察哈尔府管理。不过察哈尔府也并不干涉各旗内部的事务，但各盟举行会盟的时候，察哈尔府都要派人参与。
同时商毅还做出决定，五年以后，在察哈尔府成立内藩蒙古自治区政府，仍然坚持蒙人治蒙的原则，由各旗联合组成自治区政府，共同管理自治区内部的事务。当然俱体的制度，将由各旗派遣代表，到察哈尔府先组成一个自治区政府筹委会，大家共同商议制定。
对于成立内藩蒙古自治区政府，各旗旗主的态度都不径相同，有的支持，有的反对，但一来自治区政府是在五年以后才成立，现在时间还早，二来从商毅的声明来看，自治区政府仍然也是坚持蒙人治蒙的原则，而且由各旗派代表参与讨论制定自治区政府的各科制度，因此就是持反对态度的旗主也都暂时没有声张，等到时看一看俱体情况再说也不迟。
最后一点就是在长城内外开设通商口，方便汉蒙两族进行通商贸易，并且允许蒙古和帝国的其他省份进行自甴通商来往。
这一条是最受各旗主的欢迎，因为蒙古地处偏远，经济情况不十分落后，而且物产也十分单一，其本不产粮食作物，因此对于中原的各种物资主要是粮食、茶、糖、盐、铁、棉布、丝绸、药材、木材，金银制品等等的需求量都很大，而蒙古出产的马匹、牛羊、兽骨、皮革制品、奶制品等等，也是中原地区所需要的商品，双方确实有一定的互补性。其实尽管在中国历史上，中原王朝一直都和北方的游牧民族战争不断，但双方的通商来往也同样一直没有中断过，甚致比战争的时间更多。不少时候双方都是一边打仗，一边做生意。
其实经济实力才是中原王朝对北方游牧民族的优势所在，因为从贸易依赖性来说，游牧民族对中原商品的依赖，要远大于中原对游牧民族商品的依赖。只是由于观念狭碍和见识的不够，历代的中原王朝都没有意识到，可以利用经济手段来控制北方的游牧民族，只是把与北方的游牧民族开埠通市，当作是对他们的一种恩赐，体现上国皇恩，而不是制约他们的手段,因此在与北方游牧民族开埠通市上,往往都带有很大的随意性，往往是心神来潮,想开就开，想关就关。
实际并不是所有的时候，北方游民族都有入主中原，统一天下的雄心壮志。在大多数时间里，北方的游牧民族只是想生存下去，或者生活得好一点，而其实也并不想和中原王朝打仗，只是双方不通商，游牧民族就无法得到自已需要的商品，只好发动战争去抢，双方的绝大部份战争，就是这样引起来的。
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