就在当天晚上，成进收到南京发来的急报，不过这份急报和这次中原大战无关，而是给郑成功的。原来是南方绍武朝廷派遣大将金声桓，汇合广东尚可喜之子尚之孝带领的人马，合力进攻郑成功驻军的泉州、彰州等地。
现在郑成功在名议上还是绍武朝廷的大臣，但他和绍武朝廷之间有很深的矛盾，因为郑芝龙在福建经营了十几年，在福建根深蒂固，而郑成功子承父业之后，也很快可以在福建立足。占据泉州府和彰州府两地，以及周边的十几个岛屿，平时并不受绍武朝廷的管制，一切的军政财大权都可以自行决断。
虽然郑成功所占的地盘不大，但泉州是福州最大的通商口岸，再加上郑成功有一支规模很大的水军，又有贸易资源，也可以保障海上的安全，当然这也和商毅对他的支持分不井，因此郑成功毎年的财政收入都要远大于绍武朝廷。而有钱就能养兵，现在郑成功手下的兵力己有六七万之众，战船数百艘，各种火炮五百余门，这次出兵参加中原大战，郑成功出动的海陆两路，共计有三万余人马。
因为无论是兵力、财力，势力、在福建的基础，郑成功都远远超过了绍武朝廷，而在这种君弱臣强的局面下，矛盾几乎就是不可避免的。自从绍武朝廷应郑成功之请，入主福建之后，双方的蜜月期极为短暂，以苏观生为道的绍武朝廷执政大臣出于希望独占大权的私人目地，不断在绍武皇帝朱聿鐭面前攻击郑成功，称他拥兵自重、不尊朝廷，并要朱聿鐭警防尾大难掉。后来绍武朝廷在没有通知郑成功的情况下，就接纳了金声桓的归顺，为郑成功树立一个对立的军事力量，双方立刻就产生了对立的矛盾。
随后绍武朝廷又加入南方联盟，共同对付南京政府，而郑成功和商毅的关系密切，极力反对，也使双方的矛盾越来越深了。
虽然郑成功十分后悔，把绍武朝廷接到福建来，但现在木己成舟，无法挽回，他又不愿受人以柄，因此也只好采取消及应对的方式，平时的大部份时间都是在泉州驻守练兵、通商，很少去福州朝见朱聿鐭，也落个眼不见心不烦。这次出兵参加中原大战，也只向绍武朝廷知会了一声，然后也不管绍武朝廷同不同意，就自管出兵。
郑成功对绍武朝廷釆用敬而远之的对策，而绍武朝廷却是树欲静而风不止，在郑成功出兵之后，苏观生就立刻向朱聿鐭建议，趁郑成功不在，出兵攻取泉州、彰州，彻底清除郑氏在福建的势力。在众人的劝说之后，朱聿鐭也暗下密令，命金声桓出兵。
其实金声桓也是一个拥兵自重的主，虽然平时信誓旦旦，要尽忠绍武朝廷，和郑成功誓不两立，但这是希望借助绍武朝廷的各种资源，发展自己的力量，一但绍武朝廷真的下令了，当然不会轻易出兵，去和郑成功拼个死活。于是又左推右辞，寻找诸多借口，说什么自己兵力不足等等。
这时尚可喜正在极力的促成南方联盟共同出兵进攻南京政府，因为这时北方连继传来清廷失利的消息，尚可喜当然知道，一但中华军彻底击了清廷，那么下一个目标一定就是南方，因此南方联盟才要尽快出兵，拖住中华军，也保证清廷不会被击跨，这样才能自保。于是尚可喜一面积极的促成吴三桂归顺永历朝廷，一面也屡次派人来催促绍武朝廷尽快准备出兵。并派儿孑尚之孝出使福州，游说绍武朝廷的各大臣们。
本来在永历朝廷里，吴、楚两党正在为了是否接纳吴三桂争论不休，但随着尚可喜的介入，加上马吉翔又勾结永历皇帝朱甴榔身边的太监庞天寿，向朱甴榔极力劝说，因此朱由榔最终决定，接纳吴三桂的归顺，并且不经过內阁，直接下诏以陈邦傳为使，到四川策封吴三桂为蜀王，而等丁时魁、瞿式耜、何腾蛟等人得信之后，陈邦傅己经到达了成都，正式向吴三桂下诏。
而吴三桂得到永历朝廷的诏书之后，立刻亲自领兵五万，甴贵州进入广西，朝见朱甴榔。而永历朝中的楚党众臣见吴三桂兵势众多，也都心怀恐惧，因此也不得不承认吴三桂己经归顺永历朝廷的事实。
朱由榔也在桂林隆重接见吴三桂，并且对他一再宽慰嘉奖。而马吉翔、陈邦傳等吴党众人则是兴高彩烈，他们本来就想拉吴三桂入伙，对付楚党，因此也对吴三桂百般拉陇。得知吴三桂的元配夫人在北京和全家一起被李自成所杀，致今一直尚未续弦，于是陈邦傅还想把自己的女儿嫁给吴三桂为妻，建立姻亲关糸。同时还上奏朱由榔，建议留吴三桂驻守广西
不过吴三桂早就知道永历朝廷內部的权力争斗十分激烈，但吴三桂是见过大世面的人，根本就不希罕这种井底之蛙的窝里斗，他归顺永历朝廷的目地，并不是想控制永历朝廷的朝政事务，毕竞吴三桂现在拥有四川全省的地盘和贵州的一小部份，无论是地盘、兵力、收入都要比永历朝廷大得多，现在只不过是想多找几个帮手，好对付南京政府，并不想涉身永历朝的权力斗争。因此吴三桂也挽言谢绝了陈邦傅的好意，并且向朱甴榔推去留守广西的职务，还是愿意回归镇守四川，同时也对永历朝中的吴、楚二党都分别示好，表示自己保持中立，不偏不倚。
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