兖州城的四门被攻开之后,中华军的各路人马立刻迅速的向城内扩张，清除城中清军的残余抵抗势力，控制整个兖州城。另外也是尽快占领兖州知府衙门，因为知府衙门是清军的指挥中心，只有攻占知府衙门之后，才能彻底瓦解清军的抵抗力量。
其实这时清军早己经抵抗之心，在兖州城里四处乱撞，只希望能够找到一条逃生之路。但现在兖州城的四门都己经被中华军占领，清军根本就无法出城，结果东城的清兵向西城去，西城的清军又到东城来，最终谁都没有办法跑出兖州城，只好又向兖州城里跑。
当然少数清兵会挺而走险，从城墙上跳出去，但绝大多数的清兵没有这个勇气，或者说根本就没有这个念头，只能在城里转来转去，寻找可以躲藏的地方，也有不少清兵躲进百姓家里，还有一些清兵在绝望心理的压迫下，在兖州城里胡乱杀人放火，上演了一幕最后的疯狂。整个兖州城里也是一片大乱，到处都是火光，哭声、喊声、枪声、惨叫声、嘶吼声全部都混杂在一起。
不过无论清兵怎样拆腾，也改变不了兖州失守的大局，随着中华军逐街逐道的清理，零散和小股的清军不是被打死就是向中华军投降，总之是越来越少，而有组织的清军能够活动的范围也不断被压缩，渐渐得被中华军围困成三四个聚集区。其中最大的一个清军聚集区就是知府衙门，这里还有一千多名清兵，在主将李率泰的带领在，依托知府衙门的建筑，还在尽力抵抗。
在兖州城破之后，李率泰就知道大势己去。而目衮州城的四门都被中华军攻占，想逃也逃不出去，因此李率泰干脆那里也不去了，就在知府衙门里守着。而不少败退下来的士兵见主将还在这里，他们当然不知道，李率泰这是破罐子破摔，听天由命了，还觉得有了主心骨一样，于是也都纷纷留在知府衙门里。结果人越聚越多，现在己经超过了一千人，也把知府衙门挤得满满当当。
这时围困知府衙门的是十二旅的一个团，首先对着衙门里一阵猛烈的射击，打得清兵不断向衙门深处退去。中华军占领了知府衙门的院墙，架好了火枪，将枪口对准了院墙里面。剩余的清兵全都躲在房间里面，连大气都不敢出一口。
随后中华军才喊知府衙门里喊话，要求清兵放下武器投降。
兖州府的清兵基本都是汉族人，因此也都听得十分清楚，也立刻引起了一场騷动，虽然清兵不知道投降之后，等待自己的是什么命运，但大多数人的心态都是不愿意去死的，那怕是能够多活一会儿也好。而且和清兵相比，中华军一般没有滥杀的习惯，被抓了俘虏，最多不过是做苦工，而且同样是苦工，但汉兵和满兵的处理方式还不一样，满兵一般都是扔去开矿，而汉兵就是好得多。由其是关内的汉兵，干几年苦工就能被释放了，因此有不少人都颇为心动。
士兵们的心理变化大多都流于表面，李率泰也看得十分清楚，心里也不禁叹了一口气，他当然知道，一般的士兵，或是中下级的将领也许都还有一线生机，但自己估计是没戏了，不过到了这一步他那还能管得住士兵，如果自己强行下令，不许投降，死战到底，这邦士兵就会把自己抓起来，献给中华军去。自己千万可别犯那个傻，因此也点了点头，道：“弟兄们，战下去只能是个死，咱们都降了吧！以后的事情，那就听天甴命吧。”
其实士兵们就等他这一句话，因此李率泰一说完，立刻就有人对外面大喊道：“别开枪，别开枪，我们投降、我们都投降。”
中华军听见淸军喊投降，也十分高兴，这一大票俘虏可不少，绝对是大功一件，于是又让淸军放下武器、脱去套甲，一个一个出来，不许耍花招。
清兵也按照中华军的要求，摘盔弃甲，放下刀枪，从知府衙门里鱼贯而出，中华军的士兵们都是经过严格的纪律约束，对俘虏们并沒有打骂，只是将俘虏们以一百人为一伙，围坐在一起，先看管起来，然后派人通知军长章一平，听候处置。
等其他人都走完之后，李率泰才带着几名亲兵从里面出来。中华军的士兵们一看李率泰的样子就知道这不是一个普通的清兵，至少也是个大官，立刻对他进行盘问。李率泰到也光棍，直言不讳的坦白了自己的身份，士兵们一听才知道，兖州城里最大的一条鱼终于落网了。
到傍晚时候，衮州城里的零星抵抗基本结束，中华军完全控制了整个城市，而且城里的火势大多也被中华军扑灭，逐渐开始恢复秩序。
结果战后的统计，这一次中华军一共歼灭清军四千七百五十三人，而俘虏多达一万一千五百七十四人，淸军的主将李率泰、副将陈锦都被生擒，而其他几名副将夏成德、夏景海、吴朝佐等人都死于乱军之中，而中华军仅仅只阵亡了三百二十七人，郑军阵亡六百三十一人，加在一起也不足千人。
另外这战还缴获了大量的粮草、武器、盔甲、火药、战马等物资，因为兖州是清军守卫山东的一个主要的核心城市。因此储存的各种物资十分丰富，这一战可真没白打，可以说是收获巨大。
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