而就在这时，北京失守，崇祯架崩，南京朝廷建立等一系列消息也都传到了泉州，在这种动荡的时刻，郑芝龙也不得不把精力放在南京朝廷上，因此也只能放弃对商毅的关注。朱由崧登基之后，封郑芝龙为安南伯，郑鸿逵为靖鲁伯，并驻守镇江，按明朝的规据，郑芝龙应该亲自到南京去面见新皇帝谢恩。
不过在诏书传到泉州的之后，郑芝龙也知道商毅现在已经由南京朝廷封为临邑候，并受任浙江巡抚，在南明朝廷中的地位可以说是举足轻重，因此对商毅也更为忌惮，于是也打算趁着这次进南京的机会，借路过浙江之机，见一见商毅，看看他到底是怎么样的一个人，然后再决定对付他的办法。
在昨天郑芝豹从杭州返回郑芝龙的船队，也把自己在杭州的所见所闻向郑芝龙汇报了一遍，郑芝龙虽然当时不置可否，但心里确实吃惊不小。而现在在杭州海面上，见到商家军海军的这个阵势，郑芝龙心里也清楚，商毅的海军实力绝对不弱，虽然说还没有超过自己，但也相差不远了。因此在心里也暗暗盘算，应该怎样与商毅交涉。
郑芝龙在下属的簇拥下，从船上下来之后，踏上了栈桥，这时商毅己经迎了上来，见郑芝龙四十岁上下年纪，细眉长目，相貌颇为斯文，双手抱拳，拱手施礼道：“郑总兵，久仰大名。”
论官职两人都是总兵，但爵位郑芝龙还要比商毅低一级，而且商毅还是巡抚，因此在礼仪上郑芝龙是低于商毅的，虽然郑芝龙并不看重官职，但刚才看到了商毅显示出的海上实力，对他也不敢小视，而见商毅也只是二十五六上下的年纪，更是惊异，也赶忙还礼，道：“商总兵，岂敢、岂敢。”
商毅笑道：“郑总兵今天到浙江来，声势浩大，莫非是来向我兴师问罪而来吗？”
郑芝龙怔了一怔，但他也是见惯了场面上的人，立刻道：“商总兵说笑了，芝龙这次是进京面君谢恩，只因海面上盗贼众多，才多带了几艘船来，岂敢向商总兵问罪。”
商毅道：“谁不知道在海面上盗贼早己被郑总兵剿灭殆尽，如今万里海疆以然平安无恙，又怎么会有盗贼呢？”
郑芝龙指了指商家军的战船，淡淡道：“商总兵过讲了，如果早知商总兵有如此雄武水师，那还用得着害怕什么盗贼，我也就可以安心出海，不用弄得兴师动众了。”
商毅不禁大笑道：“郑总兵，请恕我直言，谁不知道如今这海上尽是郑总兵麾下的海舶，无论是中夷商船若是不得郑氏令旗，更不能出海。但我商毅初到浙江，却从中硬插了一杆子进来，任谁也会来兴师问罪。就是换了是我，也同样不会罢休的，我说的对吗？”
郑芝龙没想到商毅会这么直接，虽然是见惯了各种场面，但一时之间也不知该如何回答商毅，因此也只好干笑了两声，逍：“商总兵到真会开玩笑。”
商毅也不禁笑了一笑，沒有继续说下去，道：“郑总兵，我己经在杭州城中安排下宴席，请郑总兵上岸一叙。”说着伸手作了一个请的手势。
郑芝龙也同样作了一个请的手势，道：“如此，就讨侥商总兵了。”
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