从这时候开始，幕府对教徒的迫害逐步开始加剧。
庆长2年（1597年/明万历25年），秀吉下令把日本信徒及方济各会修道士总计26人在长崎钉死在十字架上，次年，丰臣秀吉病死在伏见城。
庆长18年，在家康已经明令禁止家臣信教的情况下，大名有马晴信的宗教信仰败露，旋即被剥领流放。随即被迫让家臣杀死。
庆长19年1月，退居幕后的德川家康授意二代将军德川秀忠，组织起草了新的《伴天连追放令》，即“庆长禁教令”。
宣布驱逐日本所有传教士，其中包括89名耶稣会士、4名方济各会修道士、2名多明我会修道士、2名奥古斯丁会修道士。
德川家康病死后，二代将军秀忠的禁教措施愈发激进，开始不断创造借口，处死教徒。“京都大殉教”、“元和大殉教”相继发生。
元和9年（1623年/明天启3年）三代将军德川家光上台后，再次炮制了“江户大殉教”、“平户大殉教”与“东北大殉教”等惨案。更是出现了“云仙地狱”与“踏绘”等诸多针对信徒的措施。
学者井上清统计，1614—1635年，被迫害死亡的信徒高达28万人之众。
吉利支丹信徒们，面对屠杀忍无可忍。
终于在1637年发动了岛原之乱。
岛原之乱由于实力对比悬殊，被残酷镇压下去，随即，全日本开始了屠灭信徒的运动。
1644年，也就是明朝灭亡的那一年，日本最后一位耶稣会士殉教，“无神甫时代”开始，日本的“吉利支丹时代”彻底终结。
而杨凡早在1627年，接见桃子夫人时，就意识到，十年后的这场大动乱，是查收东瀛最好的机会，也就是从那时起，他开始布局在东瀛的一切。
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