谈判结束，双方在各国领事见证下签署停战协议，日本为颜面考虑，强烈要求李伯阳额外签署保密协议，威胁不准将协议内容外露。
李伯阳权衡了轻重，还是答应签署这份保密协议，自己得了里子，面子让日本人得去也无妨，将这份谈判协议透露出去，势必引得各路军阀忌惮，得不偿失。
协议签署当晚，李伯阳亲给前线去电，命令罗群在包围圈西侧打开一个缺口，放日本人撤退。罗群正组织部队训练，只能遗憾的遵从命令，从西边放开一条小路，只允许日军携带步枪撤离，而轻重机枪、山炮、电台则通通缴获。日军谈判失利，面对数倍于己虎视眈眈的皖南军，只能饮恨丢下武器，狼狈撤离。
第二天一早，江防司令董世武亲率手下将水雷撤去，紧接着日军舰在英军舰的监督下退往九江。
一场大战消弭，日本人抢先登报，称大日本帝国军队已经惩戒了皖南，皖南已于昨日签署赔偿书，云云。
这种语焉不详的报道看在国人眼里，还以为真是日本人用武力逼迫皖南赔款，一时国人大哗，北京、上海、武汉的学生冲上街头游行，抗议北京执政府对外无能，要求捍卫国家主权，同时全国各大报纸披露芜湖被日舰轰击两日的惨状，称赞李伯阳为不畏日本帝国主义的爱国将领。
李伯阳闻之这个称呼后颇为惭愧，这次与日本的冲突爱国心有之，可到后来更多的却是为地盘私心考虑，如今国人盛赞自己为爱国将领，着实受之有愧。
就在协议签署第三天，上海花旗银行代替皖南向中日实业公司偿还日元五百万整，这个消息一出，原本与李伯阳保持距离的芜湖工商界立马转了风向，不仅商会上赶着无偿为镇守使公署捐献重建芜湖金，而且金融界也开明起来，愿意大额借款给李伯阳，不论用途。
李伯阳内心瞧不起这些逐利的商贾，不过他不会和白花花的银元过不去，再与商会推脱几日后，做出一副勉为其难的样子收下这笔钱重建金，又从交通银行借出五十万块银元，作为华为矿业公司启动款。
重建工作有条不絮进行，经过日舰的一通轰击之后，李伯阳借机对长街做出新的规划，原先的码头继续沿用，可主要街道却推翻重建，原本狭窄的道路扩宽至四向车道，而沿岸的建筑也摒弃了低矮的土木阁楼，随之而起的是大上海普遍的钢筋混凝土高楼，尤其是地控要害的地点，李伯阳专门请到德国的工程师，以战时堡垒要求建造，同时在长江河道最狭窄险要处修建炮台基建，为以后落实炮台防御打下基础。
重建工作涉及各方各业，李伯阳几乎把手头上所有的财力物力都投入到里面，而此时建设银行顺势而起，以贷款存款发放工程为条件，吸引了大批商人前来，经过一段时日的经营，总算是把前些日子与日军交战时筹借的军费平了出去。
就在皖南局势稳定之际，东南局势发生了微妙的变化。
九月初，考察欧美各国政治专使徐树铮从英国向段祺瑞发来一份电报，说奉张已于日本签订秘密合同，以东南沿海渔业权威抵押，借款数百万巨以购置新式武器，目的是准备在来年开春发动武力统一东南各省的战争，此消息不胫而走，传到孙传芳耳中，使得他大为惊忧，坐卧不安。
与此同时，从保定军校离职来浙的蒋百里也给孙传芳带来一个消息，说杨宇霆、姜登选已经在编练军队，只等所订军衔到手后即取浙、闽两省，其大概时间约在明年的三月施行。
此消息一出，孙传芳再也坐不住，既然与奉军开战势不可免，与其坐等奉军准备充分后前来进攻，不如趁其立足未稳，军力分散，先下手为强，发动倒奉。
孙传芳先给南京陈调元发去密电，告知奉军机密，9月17日，陈调元借姨太太岁庚摆宴，邀白宝山等苏军将领会面召开会议，决定一致抗拒奉军，并以防浙为名，将军队向宜兴移动。
此举果然瞒过杨宇霆，他喜见陈调元与浙军对峙，称赞之余拨出大批军费弹药，作为奖赏。
9月20日，孙传芳使者来芜湖，邀请李伯阳派使者前往杭州商定倒奉军事会议，李伯阳为显诚意，派许正邦为使者，前往杭州。
10月7日，东南各省代表齐聚杭州，讨论倒奉战争事宜，在会议上，各省代表早就得到孙传芳暗示，齐称奉军势大，凭一省武力抗奉，各自为战又易被奉军击破，决议成立五省联军统一指挥，并一致推举孙传芳为五省联军总司令，周萌人为副司令。
孙传芳以自己资质尚浅推迟，经过五省代表的劝进，他方才就任五省联军总司令，并以联军总司令身份任命福建督办周萌人为闽军总司令、江苏帮办陈调元为苏军总司令、原安徽督理、曾被李伯阳生父徐普赶下太的马联甲为皖军总司令、江西督办方本仁为赣军总司令、孙传芳本人兼任浙军总司令，并树下“拥段反奉”的旗帜，拥段是因为段祺瑞声望足以影响全国，反奉则是惟张作霖一人是讨，把目标锁定一人，便于减小战争阻力。
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